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1）花生。因为黄曲霉是花生壳上最常见的真菌，所以在霉变的花生上总是能够检测出黄曲霉毒素；而且由花生制成的食品，如花生油或花生酱中也常含有黄曲霉毒素。与花生相似的还有开心果；另外一些坚果，如核桃、榛子或椰仁则受黄曲霉毒素的危害较轻。
2）粮食。许多真菌毒素，如玉米赤霉烯酮、单端孢霉素类、赭曲霉毒素Ａ和黄曲霉毒素能在粮食中产生。在收获以前镰刀菌就已经侵入了谷粒，侵害的程度和毒素产生的范围主要受植物栽培的措施和气候影响。如过多地施加氮肥会促使真菌的散布和繁殖。因为田间真菌，如镰刀菌生长的基质必须含有很高的水分，因此在粮食收割后，主要在温暖的地区，谷粒中的水分相应地散失，便会使镰刀孢菌的生长减慢，但是这时青霉属和曲霉属便会出现在粮食中，这些霉菌能在小麦、大麦、玉米和大米等粮食中产生黄曲霉毒素。
3）烘烤食品（面包）。真菌毒素能通过由霉变的粮食磨成的面粉进入面包，不过常见的是发霉的面包中产生真菌毒素。面包烘烤之后在晾凉、储存、切割和包装的过程中，由于面包房中的空气内含有大量的真菌，也容易被污染。在面包上常见的能产生毒素的真菌是黄曲霉（黄曲霉毒素）、赭曲霉（赭曲霉毒素Ａ）、扩张青霉（展青霉素）、和杂色曲霉（杂色曲霉素）。在黑麦面包中只发现有黄曲霉生长，但无毒素形成。
4）水果和果汁。在酸性水果和水果制品中能形成的真菌毒素
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