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一旦发现粮食有毒素污染后，能够除去毒素当然是很重要的途径。但是有些去毒方法不太经济，所以有些粮食污染后只有丢弃或作为肥料及发酵制酒精等用途。
去毒方法很多，不外乎物理去毒法和化学去毒法。例如含有黄曲霉的花生和含有呕吐毒素的小麦和玉米都较轻，可以用浮选方法去除部分含毒的粮食颗粒。结合肉眼和仪器检查和剔除，几乎可以除去99％含有黄曲霉毒素的花生。
化学方法中用氨处理黄曲霉毒素污染的玉米、花生和棉籽最为有效。经过这种方法处理的玉米等不仅营养价值不受损失，几乎黄曲霉毒素均被破坏，动物试验也发现无毒性。有些国家已采用此方法去毒。臭氧、氯气、亚硫酸等虽亦有效，但不及氨法去毒效果好。
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