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我国近代微生物学的启蒙时期是在十九世纪末。西方和日本学者对我国微生物学的早期发展曾起过重要作用。十九世纪80年代出版的一篇题为“人与微生物争战论”的讲演记录的译文，文中谈到疾病由“极细微之生物所成”，可能这是近代微生物学由西方传入中国的最早文字记载。20世纪初，西方学者开始在我国的一些研究所从事医学微生物学的研究，在一些高等院校开设有关课程，一批日本学者开始对我国的发酵产品，特别是我国酒曲微生物进行了较系统的研究。同时，一批到西方留学的中国科学家开始较系统地介绍微生物学知识。中国学者从事实际研究工作的，当首推伍连德，他在1910-1921年间用近代微生物学知识对鼠疫和霍乱病原的探索和防治，并总结了鼠疫流行的基本规律，提出了检疫措施，在中国最早建立了卫生防疫机构，培养了第一支预防鼠疫的专业队伍，在当时，这项工作居于国际领先地位，在国际上产生了很大的影响。30年代，我国学者开始对医学微生物学有了较多的实验研究，主要是在湖南湘雅医学院和北京协和医学院的细菌学系进行的，在那里培养了我国第一批医学微生物学家，如余贺、汤飞凡、谢少文、魏曦等，在医学细菌学、病毒学和免疫学等方面的个别领域做出过较高水平的成绩。魏岩寿是我国近代开始从事非医学微生物的应用微生物学研究的先驱。当时的实业部南京中央工业试验所和黄海化学工业社分别设立了酿造研究室和菌学研究室，在我国工业微生物学的早期发展中
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