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生态平衡中的正常菌群和宿主机体，只要有一方发生较大的不可逆改变，就有可能造成生态失调而导致疾病。其中由菌群因素引起的有菌群失调，由宿主因素引起的有免疫功能低下，两者都和正常菌群寄居部位的改变等有关。
菌群失调
在宿主某部位寄居的正常菌群中，细菌的种类和数量比例是比较恒定的。在治疗疾病过程中，医生往往在使用抗菌药物治疗感染性疾病过程中引发了另一种新的感染病症，其原因就是因为长期或大量应用抗菌药物后，大多数正常菌群被杀死或抑制，而原来处于劣势的少数菌群或外来的不能被抗菌药物杀死（耐药菌株）的细菌便会趁机大量繁殖，使原来的菌群种类和数量比例大大改变。这种因严重的菌群失调导致的疾病称为二重感染。引起二重感染的常见菌有金*葡萄球菌、白假丝酵母、艰难梭菌（Clostridium difficile）和一些革兰氏阴性杆菌。临床表现为假膜性肠炎、肺炎、鹅口疮等。若发生二重感染，除停用原来的抗菌药物外，对标本中分离培养出来的优势菌要作药敏试验，看看用甚么药物能够杀死它们，从中选用合适的。同时，也可配合使用相应的保健食品或改善肠道正常菌群的微生物制剂，来协助调整菌群的类型和数量，加快患者康复。
宿主免疫功能低下
这种平衡
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