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1927年春天，麦克林托克获得康奈尔大学的博士学位。她留在那里继续研究玉米中每一条染色体的形态特征以及与遗传性状的关系。那段时期可谓是玉米遗传学的黄金时期。1927年秋，比德尔（G·W·Beadle）来到植物育种系，在爱默生的指导下做博士论文。1928年秋，罗兹（Marcus M·Rhoades）也来到该系，同样在爱默生指导下做博士论文，罗兹后来成为麦克林托克亲密的同事和朋友。英雄所见略同，这些耕耘于玉米遗传学领域的研究者，都迫切地意识到探索染色体和基因之间相互关系的重要性。这是一个和谐友爱的集体，大家共享信息，也共享成功的喜悦。正是在这里，麦克林托克在玉米的细胞遗传学方面发表了一系列高质量论文，其成就堪与当时正在飞速发展的果蝇遗传学相媲美，并深受遗传学界巨子——摩尔根的赏识。
由于麦克林托克已能精确地鉴定玉米细胞中每一条染色体的形态特征，这就为细胞学与遗传学的联姻提供了良好的条件。到1931年为止，在麦克林托克及其他人的努力之下，在玉米中所发现的10个遗传连锁群已与10条染色体之间建立起了一一对应的关系。相比于果蝇遗传学，玉米遗传学自有其得天独厚的优势。由于果蝇的染色体十分微小，其精细特征难以辨认，所以摩尔根学派对遗传学染色体学说的贡献主要是基于对交换实验的推断，缺乏从染色体的直接观察中所得到的证据。相形之下，玉米的1
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