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10条染色体在形态上，有明显可辨的特征。
事实证明，麦克林托克在这一时期所从事的玉米细胞遗传学研究，为她以后发现基因转座打下了坚实的基础。1931年，麦克林托克发现，9号染色体在其短臂的末端有一个明显的结。具染色结的染色体携有基因C（糊粉层有颜色）、基因sh（胚乳呈皱缩型）和基因wx（胚乳为蜡质型）。遗传学交换实验表明，这些基因的次序为wx—sh—C，并且它们都位于具染色结的短臂上，因此，可以确定染色结和这些基因之间为一连锁关系。这一实验不仅令人信服地证实了基因与特定染色体之间的关系，而且它还是发现“转座”的序曲。因为麦克林托克首次发现转座基因（Ds）就是位于这一结节附近，它对基因C所产生的影响，导致玉米籽粒的糊粉层显示出斑斑点点的景观。
1933年，果蝇幼虫唾腺巨大染色体被发现。这种巨大染色体要比减数分裂时的染色体和体细胞中的染色体大上200倍。唾腺染色体上有明显的横纹，横纹的相对大小和空间排列是恒定的，可以作为识别唾腺染色体的标志。这一发现为果蝇遗传学的飞速发展添上了强有力的翅膀。自此以来，玉米在遗传学中的地位无法再与果蝇相抗衡。而对于急功近利的遗传学家来说，一年才熟一季的玉米也实在让人等得心焦，而几个星期就能繁殖一代的果蝇，则为观察突变的发生提供了更为快速的捷径。于是，玉米成了被冷落的灰姑娘。然而，麦克林托克却对玉米情有独钟，她穿着缝有许多口袋的工作服，冒着酷暑，继续穿梭于玉米地里，细心地观察幼苗、籽粒上的斑斑点点，并在显微境下检查其染色体行为，而玉米对她的最好回报就是向她倾诉了许多有关染色体以及基因的奥秘。
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