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与现代的分子生物学家相比，麦克林托克具有独特的研究思想与方法。在物理学、化学的熏陶下成长起来的新一代分子生物学家，他们更看重的是对象的结构而非功能。他们习惯于采用简单明了的分子克隆方法，将插入顺序提纯出来，然后进行分子结构的分析。但是如此一来，这样的死分子也就失去了其活泼、能动的生物学功能。所以，当分子生物学家与麦克林托克刚刚开始合作时，他们之间甚至无法交流——因为两人说的不是同一种语言。前者仅关注于什么材料合适于克隆。对此，麦克林托克带着惊恐甚至是轻蔑的眼光。当时，分子生物学家已经发现，噬菌体的染色体能插入细菌基因之中，它类似于玉米中的转座因子，但是，麦克林托克拒不同意这样一种简单的类比，她强调真核生物的复杂性，仅相信遗传杂交实验所阐明的一切，她还断然声称：控制因子（Ac、Ds）是一种基因，但却是一种不同寻常的基因，这不仅表现在它们的功能上，而且也表现在它们的性质上，亦即Ac、Ds不是由具体的物质分子所组成，它们仅代表了染色体特定结构的一种改变形式。最终，玉米中的转座因子（Ac、Ds）被克隆，其分子顺序也被测定，Ds因子具有双倍的结构，所以能导致染色体的断裂。随着转座因子的插入，染色体的DNA分子也确实变长了。在这一点上，分子生物学家的做法显然是正确的。
麦克林托克的教育背景以经典遗传学为主，相比于分子遗传学，经典遗传
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