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聘为帕萨迪纳加州理工学院的生物学部主任。他将原在哥伦比亚大学工作时的骨干布里奇斯、斯图蒂文特和杜布赞斯基（T·H·Dobzhansky，1900-1975）再次组织在一起，重建了一个遗传学研究中心，继续从事遗传学及发育、分化问题的研究。1945年12月4日，因动脉破裂，摩尔根在帕萨迪纳逝世，享年78岁。
摩尔根是第一位以遗传学成就而荣获诺贝尔生理学医学奖的科学家，是染色体遗传学的创始人，在孟德尔遗传学向分子遗传学发展的过程中，起着承上启下、继往开来的作用。
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