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摩尔根证明了基因位于染色体上。但一种生物的基因数目远远多于染色体的数目,因而一条染色体上存在多个基因,就成为一个必然的推论。很多基因存在于同一条染色体上,称为基因连锁(linkage)。这就合理地解释了生物性状的连锁遗传现象。 1906年贝特森和庞尼特(R·C·Punnett)就已经在甜豌豆中发现了生物性状的连锁遗传现象,但当时他们无法对此做出解释。1911年摩尔根提出,果蝇的白眼、黄身和小翅基因连锁于X染色体上,以染色体遗传学说解释了生物性状的连锁遗传现象。由于在生殖细胞形成过程中,细胞中配对的染色体之间发生片段的交换,使后代出现少量不同亲代的连锁类型,交换类型总是以一定的比例(称为交换值)出现。1913年,摩尔根的学生,当时21岁的斯特蒂文特(A·H·Stutervant)提出以交换值作为染色体上基因相对距离的想法。在此基础上,制作了关于染色体上基因之间位置关系及其距离的“基因连锁图”。由于对染色体遗传理论的贡献,摩尔根于1933年荣获诺贝尔生理学医学奖。
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