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1965年3月23日，约翰·扬和另一宇航员乘“双子星座”3号飞船开始执行首次航天飞行任务。这次太空之行仅有4小时53分钟。这是美国第二代载人飞船的首次飞行。“双子星座”号飞船比第一代的“水星”号飞船稍大，外形像一口钟，高约3.5米，底部直径2.3米，可载两人。飞船周围有16枚小火箭，用以作机动或变轨飞行。两位宇航员驾驶“双子星座”3号飞船绕地球飞行了3圈，进行了上升，下降，前进，后退和左右转动等操纵试验，取得成功。
 1966年7月18日，约翰·扬和柯林斯结伴，乘“双子星座”10号飞船第二次飞上太空。他们在太空停留了2昼夜22小时47分钟。这次约翰·扬二人驾驶飞船绕地球飞行43圈，在太空与“阿金纳”末级火箭成功地会合对接，并取回一个收集微流星的箱子。他们飞行的最重要成果是与火箭末级对接获得成功，这为两艘飞船今后在太空对接飞行打下了牢固的基础。
约翰·扬第三次上天是1969年5月18日，他担任指令舱驾驶员，与航天员斯塔福德和塞尔南一起，乘“阿波罗”10号飞船，进行载人登月前的最后一次演习飞行，历时8昼夜零3分钟。他们进入月球轨道后，约翰·扬驾驶指令舱飞行，与登月舱逐步拉开一段距离，保证斯塔福德和塞尔南驾驶登月舱飞到离月面14千米的地方考察登月陆点，然后与返回月球轨道的登月舱会合。演飞完成后，离开月球轨道返航，5月26日安全溅落在南太平洋上。
1972年4月16日，约翰·扬担任指令长，同航天员马丁利和杜克一起，乘“阿波罗”16号飞船第四次进入太空，完成一次登月飞行。这次共飞行11昼夜1小时51分钟。在这次飞行中，约翰·扬和杜克驾驶登月舱在月面的笛卡尔高地附近着陆，停留71小时零2分钟，其中在舱外活动20小时14分钟，三次使用月球车对月面高地进行科学考察，采集了90千克月球岩石土壤样品。最后于4月27日安全地返回了地球。
1981年4月12日，约翰·扬和克里平参加第一架航天飞机“哥伦比亚”号的第一次飞行。此时，约翰·扬已年届50岁，在这次航天飞机的首航中，约翰·扬和克里平试验了航天飞机各个系统的性
能。总共飞行2昼夜6小时13分钟。
约翰·扬最后一次参加航天飞行，是1983年11月28日。他又一次担任“哥伦比亚”号航天飞机指令长，和另外5号航天员一道进入太空，经历了10天零7小时远航，在第一运载上天的欧洲空间实验室内进行了73项科学实验，取得了丰硕的实验成果。12月8日结束了这次飞行，返回了地面。
在这6次太空飞行中，约翰·扬共度过了835个小时。
（图）宇航员在航天飞机的舱外修理卫星
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