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1. 「挺击案」
党争涉及的问题很多，其中最重要者有「三案」，即梃击案、红丸案、移宫案。
万历四十三年(公元1615年)五月四日，有个叫张差的男子，持棍闯进慈庆宫欲谋害太子朱常洛。巡视皇城御史刘廷元乃浙党成员，他审问后奏称张差是疯子，刑部提审主事王之寀是东林党人，他又仔细审问，查出张差系受人指使，从蓟州来到京城，被一太监带进宫中作案，因而揭发其「不癫不狂，有心有胆」。
后又经过十三司会审，审出指使张差行凶的人为郑贵妃宫中太监庞保、刘成。至此，真相太白，朝议纷纭，明神宗怕进一步追查牵涉到郑贵妃，便力主疯癫说，下令将张差磔死，庞保、刘成毙于内廷，暂时平息了这场风波，史称「挺击案」。
2. 「红丸案」
万历四十八年(公元1620年)七月，神宗病殁，太子朱常洛继位，是为光宗。因身体羸弱，纵欲过度患病。郑贵妃指使内医太监崔文升入诊，开了一服泻药。光宗服后，泻竟不止，一天至三、四十次。鸿胪寺丞李可灼又进「红丸」，光宗连服两粒，一命呜呼，仅在位二十九天。
光宗之死，廷臣大哗，均归咎于李可灼和首辅方从哲。方从哲被逼无奈，只好将李可灼罚一年，辞官而去。此后关于朱常洛致死原因，东林党和*进行长期的争论，此即为「红丸案」。
3. 「移宫案」
光宗死后，其十六岁的长子朱由校继位，是为熹宗。李选侍在朱常洛生前极受宠爱。光宗即位时，她与太子朱由校一起入居干清宫。光宗死后，她便控制了干清宫，并与心腹太监李进忠密謋，阻止朱由校与廷臣见面，企图挟皇长子自重。
东林党人大学士刘一暻、给事中杨琏等首先和司礼太监王安共同设计从干清宫骗出朱由校，拥住慈宁宫，随后便以李选侍占住干清宫为违制为由，多次上疏力促李选侍移宫，皇太子朱由校也明确表示支持，李选侍无奈，只好快快搬出干清宫，改居仁寿殿。她头天走，群臣第二天就正式拥立朱由校即帝位，是为熹宗。
移宫后，御史贾春旺上疏指责力陈移宫的东林党人，
「谓不由于新君御极之初，首劝主上以违忤先帝，逼逐庶母，表里交构，罗织不休，俾先帝龙体末寒，遂不能保其姬女。」
于是两派官员便围绕着移宫的是非展开了争吵。直到熹宗出面干涉，争论才暂时停息，此即为「移宫案」。
移宫案后，东林党人因拥戴有功，势力重新崛起，内阁吏部、兵部、都察院等重要部门均由东林党人主持。但由其仍将大部分精力倾注于论「三案」是非，排除异己，打击宿敌，因而*改良收效甚微。及至魏忠贤集团崛起，东林党人遂遭灭绝之灾。
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