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图8孔子鸟的尾羽 图9尾羽鸟的尾羽 孔子鸟化石是所有在辽宁发现化石中较中生代鸟类形态最原始的标本，它口中的牙齿已经退化消失，取而代之的是角质喙出现，这一点与现生鸟类十分相似，表明孔子鸟是真正的鸟化石，是至今世界上已知最早有喙的鸟类。此外，它的原始性还表现在前肢翅膀上的利爪相当发达，较其他会飞翔的鸟类显得十分原始。从骨骼形态分析，孔子鸟的飞行能力要比始祖鸟强，它的后肢已经能适应攀援树木。与始祖鸟相比，孔子鸟的尾椎已愈合为一根尾综骨，而始祖鸟却还是保留着23节自由的尾椎。总之，孔子鸟是一类较为特化的中生代鸟类，对于鸟类的起源问题，从孔子鸟身上找不到直接的证据。
孔子鸟还长有可以飞行的羽毛，这方面要比始祖鸟强得多。对于雄性孔子鸟而言，尾部还长着一对用以区别于雌性的尾羽。
如此众多的孔子鸟化石的发现，说明孔子鸟是经历了一场灾难之后集群死亡的产物，同时也说明孔子鸟具有集群出入、生活的习性。
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