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？不过，能为这些科学推理提供佐证的化石标本是不会奇迹般地突然出现，人们只有苦心等待，不断探掘。因为鸟类骨骼是中空的特点，而且具有飞行的特性，所以，与大多数陆地或海洋的动物相比，对于保存成为化石是极为不利的。飞行过程中不易于找到确切固定的栖息地，加上中空的骨骼，即使死亡时很利于形成化石，也往往会将这些薄脆经受不了撞击和搬运破坏的骨骼最后成为粉碎，难以形成为化石。于是，寻找鸟类远古化石的任务日益显得艰巨。
 
5、第一只中华龙鸟化石骨架 6、这是对应骨架的中华龙鸟的复原图
三、 新发现对始祖鸟作为鸟类“始祖”地位的撼动
在过去的150年来，人们在长期为寻找鸟类先祖的历程中似乎也在默认一种观念，即使始祖鸟不是严格的鸟类祖先，但最起码在没有新材料出现之前，这个位置是不可动摇的，于是，始祖鸟作为鸟类的祖先已为人们所接受，在教科书上，在各类媒体中，始祖鸟由于罕见的化石材料作为化石经典在铺天盖地般地向世人进行科学普及。
7、最新的“恐龙”与“鸟”的进化图谱
无独有偶，历史终于应证了有关鸟类起源的假说。事情发生在中国东北地区的辽宁西部，那里在上世纪90年代，接二连三地出土了鸟化石，特别是找到了既有鸟类长羽毛的原始特征，同时还是小型食肉恐龙的骨骼形态特征的化石标本，这就是“中华龙鸟”，真是石破天惊，令全世界的科学家震惊，之后，又陆续发现了长羽毛的恐龙——尾羽龙、小盗龙、北票龙等。如果按照连续进化的祖先和后裔的关系，具有中间过渡特征的生物是连接生物进化的最有力证据。于是，科学界认为鸟类的真正祖先终于找到了，但是，在辽西发现的化石全是出现在白垩纪的早期，而始祖鸟则是在侏罗纪晚期出现，早与辽西化石的时代大约1500万年，这就给进化的时间上提出了疑问。既然作为鸟类祖先，时间应该早于始祖鸟，而这里却晚了很久。莫非始祖鸟之前的类型不是这种“龙鸟”类的生物形态。不过，如果我们留意，第六块始祖鸟标本在发现之初不是就被认为是食肉类恐龙吗？在那时由于鸟类标本少见，在加上羽毛长期以来一直被作为判断鸟类的根本依据，所以，把具有食肉恐龙众多特征的标本被认为是始祖鸟。现在结合众多的辽西标本，我们分析的结果则是如果参考今天大量的标本来判别早期的始祖鸟标本，肯定没有谁会把它认为是始祖鸟，只是一类小型食肉恐龙，若这样来考虑，今天发现在辽西的大量过渡类型的长羽毛的恐龙应该是鸟的祖先，这样一来，我们就把鸟类的起源时代大大推后了。人们可能还暂时不会接受这种观点。但您要相信，科学的发现是十分关键而有意义的，我们不能仅凭观念或感情来改变科学事实。
四、 始祖鸟莫非不是鸟了吗？
始祖鸟作为鸟恐怕没有人产生疑问，但是毕竟有新标本的发现对此提出了挑战。不过，在目前还没有大量特别确凿的科学评断之时我们暂时还权且可以把始祖鸟当作鸟,因为它毕竟在全世界人们的心目中的印象太深刻了。另外，关于始祖鸟到底是不是鸟的结论并不是十分重要，更重要的是它是否已经从某一方面不接受传统的分类学，有些人就提出过将恐龙纲独立出来，从而取代鸟纲，那样，鸟的概念和外延就会发生历史划时代的转变，如果这样的话，始祖鸟作为恐龙纲里的鸟类也就和恐龙没多大的区别了。不过，问题又产生了，恐龙纲里进化为鸟类的那支兽脚类恐龙应该至今还没有绝灭，而其他大量的鸟臀目和大型蜥脚类就是已经灭绝的那类了，也就是人们常说的绝灭的恐龙。
五、 中国有始祖鸟吗？
如果还是按照早期的观点，始祖鸟是发现在侏罗纪晚期的鸟标本，那么，在中国至今还没发现如此古老的鸟类。但是，如果仅就始祖鸟形态进行观察的话，这几年在辽宁确实发现了与始祖鸟特征相似的化石，甚至还有在科学研究的价值比始祖鸟更为珍贵的大量似“龙”似“鸟”的大自然神奇造化的“怪物”，它们作为中国的始祖鸟应是当之无愧的。
 
8、也是在始祖鸟的化石点发现的翼龙 9、翼龙的生态复原图
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