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了第三次考古发掘，发掘证实并丰富了作为遗址主体的早期遗存的文化面貌，年代约在距今１１０００—９０００年间。同时新发现了较晚阶段的新石器时代文化遗存，发掘工作尚未结束。
此次发掘面积约５００平方米。清理灰坑、灰沟１５０多个（条），修复陶器２０余件，出土打制石器约１０００余件。另外还有数量较多的石球、石磨盘、石磨棒和极少量的属于晚期阶段的磨制石器。有机质遗物仅发现一件带有切割痕迹的腐残鹿角，属早期。
早期遗存 遗迹现象主要分灰坑和柱洞。灰坑有较规整的圆型坑、方形坑和不规则的浅坑，多数仅见极少量的陶片和石器。柱洞多呈圆形，底部不见础石。
陶器中大敞口盆是最重要的器物形态，此外还有双耳罐、大平底盘、镂空圈足盘等。在众多的陶片中，发现了习惯认读为“釜”的口沿片，但在２件复原陶“釜”的底部均发现了圈径很小的圈足痕迹，这种器形在东南沿海地区新石器时代遗址中十分罕见。陶质大多为外红内黑的夹炭陶，胎质中普遍羼和草本植物碎料。胎体内部可见到分层挤压的层理现象。陶器的装饰手法除红衣外，还发现少量的绳纹、堆贴、镂空，口唇部位还见有均匀分布的短线刻纹。
打制石器分石片石器、石核石器、砍砸器、尖状器等。数量最多、工艺特点最鲜明是石片和石片石器，石片基本可分为背面有剥离痕、背面为原始石皮和无明显劈裂面、“双阳面”等几种。背面有剥离痕的标本最多。部分见有二次加工痕迹或使用痕迹。石器的原料多为鹅卵石，石质多为粉砂岩。还发现有数量较多的磨盘、“磨棒”、石球等。磨盘体型较大，磨面凹弧、底面未经加工。“磨棒”多呈有多面磨痕的条块状，碎块的比例较高，应该是“磨棒”常常又充作石锤的缘故；另一种为底面磨平的自然卵石。石球继续有发现，应该与遗址的功能分区有关；块石的边角部经反复锤击、使用，久而久之可以变成球状，但不少标本的浑圆程度很高，应该是特意加工出来的。
特别值得一提的是，发掘过程中对可供浮选的土样标本进行了有目的、有计划的采集，目前已经在Ｈ５２发现残损的稻米一粒。
晚期遗存 灰坑的共同特点是上圆下方，呈不规则圆形敞口的直壁平底方形坑。上部的浅圆坑或可理解为掘坑过程的自然遗留，但Ｈ１５０的结构呈一个大的浅圆坑中套２个方坑，可见上部的浅圆坑具有一定的功能。部分坑的底部还发现有深度不超过１０厘米的小圆洞，坑内填土多可分层，并常常夹杂炭屑。
遗物以陶器为主，夹砂陶为主，陶色偏灰褐，偶见黑陶片，器形有釜、罐、盆、盘、钵及圈足器，值得指出的是，陶片中还发现短小柱状足。在釜类器的口沿片中，可以看到跨湖桥、楼家桥等遗址中常见的呈外薄内厚、沿面微凹特征的标本，另外、耳现象比较普遍，绳纹也有少量发现。
初步认识 将上山遗址早期遗存作为距今万年的早期新石器时代文化进行认识，并以之与国内发现的同时期其他遗址比较，不难发现２个特点：一是陶器的胎质为夹炭陶；二是陶器的形态相对丰富，出现平底、圈足、圜底器。这些陶器与纯粹的打制石器共存，构成一个另类的文化特征。这一特征可引出２种假设，一是遗址的年代测定可能偏老，二是东南沿海地区的早期新石器时代文化是一个独立的分区，尤其在陶器起源上另有源头。
自跨湖桥遗址发现，关于东南沿海新石器时代文化发展关系的“平衡”被打破了。跨湖桥遗址引出了与长江中游皂市下层遗存的关系，但论证尚粗浅。将上山与跨湖桥联系起来，或许可以看到这一地区陶器领先一步的合理性。
同样需要关注的是打制石器问题。虽然在其他地区，打制石器可以沿用到很晚的历史时期，但在东南沿海地区，这种现象似乎并未波及。虽然在属于河姆渡文化的鲻山遗址发现过与磨制石器共存的小石器，但这种小石器与上山遗址相比，在工艺特点和大小形态上都存在较大的差别，特别是打制石器作为纯粹的石制工具与陶器共存，更是一个值得关注的文化现象。
上山遗址晚期遗存中，最使发掘者感兴趣的是小型柱状足的发现。上山遗址的发现和跨湖桥遗址的再发现缘于浦阳江流域的考古调查，而浦阳江流域的考古调查又缘于诸暨楼家桥遗址的发掘。楼家桥遗址最主要亮点就是以有脊釜为代表的河姆渡文化早期陶器群居然在这里与一种柱状足鼎有共存关系。一般认为，太湖南域鼎最早出现的时间是马家浜文化晚期，这种特征明显的双目式足鼎在钱塘江以南的出现也已到了河姆渡遗址晚期。浦阳江流域在较早阶段就出现了鼎，而且与双目式鼎不是同一种类型，这是否意味着别有文化渊源呢？上山晚期遗存为探索浦阳江流域的区域性文化特征及其文化传承关系提供了新的线索。
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