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针对10多种外来检疫性有害生物和国内重要病原物，在对病原生物基因组和功能基因研究的基础上，开发了特异性分子探针筛选、抗药性相关基因克隆技术和设计工艺，建立了植物疫病分子检测和抗药性分子诊断技术平台，构建了植物疫病检测及其抗药性诊断分子检测试剂盒组装和规模化生产流程和工艺，组装并研制出一批可用于口岸检验检疫或田间早期诊断的分子检测试剂盒。其中大豆疫霉实时PCR检测技术被我国农业部确定为我国大豆疫霉疫情普查的标准技术之一；苜蓿黄萎病菌检测技术比国外采用的平板培养方法，灵敏度提高了20倍，被我国农业部确定为我国进口苜蓿种子的标准检测技术；番茄细菌性斑点病菌IMS-PCR检测技术，能够检测到种子带菌率为0.1%的样品，填补了国内空白。
在棉铃虫对Bt毒素Cry1Ac抗性分子机理方面取得了突破性进展，明确了棉铃虫对Cry1Ac的抗性为单基因、不完全隐性遗传，抗性基因位于常染色体。发现钙粘蛋白基因突变与棉铃虫对Cry1Ac抗性直接相关，并建立了突变基因的分子检测技术。建立了棉铃虫细胞色素P450基因表达的实时定量PCR检测技术，确认了4个与棉铃虫对拟除虫菊酯抗性相关的细胞色素P450基因(Cyp9A12,Cyp9A14,Cyp9A17v2,Cyp6b7)，并建立了相应的快速检测技术和实用化试剂盒，确认了棉蚜乙酰胆碱酯酶基因功能突变位点及其与抗药性相关，并建立了相应的快速检测技术和实用化试剂盒，明确了辣椒碳疽病对甲氧基丙烯酸酯类杀菌剂的抗性诱导和分子机理是相关基因突变。
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