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本遗传构成和利用效应，猪、鸡重要经济性状遗传的分子机制，重要海水养殖动物病害发生和免疫防治等方面的基础研究。
在能源领域安排了深部煤炭资源开采，西部典型叠合盆地油气成藏机制与分布规律，碳酸盐岩缝洞型油藏开发，石油资源高效利用的绿色可持续化学，大面积低价长寿命太阳电池，节能降耗先进理论和方法等方面的基础研究。
信息领域部署了纳米尺度硅集成电路器件与工艺，宽带光纤与无线信息网络中的光子集成与微纳光电集成等方面的基础研究；瞄准智能信息处理和下一代网络，部署了可视媒体的智能处理，一体化可信网络与普适服务体系，无线传感网等方面的基础研究。
资源环境领域围绕影响我国社会可持续发展的资源和环境问题，部署了华北大陆边缘造山过程与成矿，海河流域水循环演变机理与水资源高效利用，黄淮海地区湿地水生态过程、水环境效应及生态安全调控，中国主要水蚀区土壤侵蚀过程与调控，西南喀斯特山地石漠化与适应性生态系统调控，京津渤区域复合污染过程、生态毒理效应及控制修复等方面的基础研究。
人口与健康领域安排了重大血管性疾病发病机制和防治，Ⅱ型糖尿病发生发展机制，高原低氧等环境因素损伤适应机理与干预措施，衰老的机制与干预等方面的基础研究。
材料领域围绕传统材料升级改造和发展高新材料等方面，安排了半导体光电信息功能材料，高效热电转换材料及器件，核电关键材料的环境行为与失效机理等方面的基础研究。
综合交叉领域围绕温室气体提高石油采收率，人造纳米材料的生物安全性，大城市交通拥堵瓶颈等重大学科领域交叉问题进行重点部署。
重要科学前沿领域安排了数学与其他领域交叉，物质创造与化学转化过程，日地空间灾害性天气，脑结构与功能的可塑性等方面的基础研究。
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