原肠胚是由囊胚细胞迁移、转变形成的，它由三层细胞层构成：外胚层(ectoderm)、中胚层(mesoderm)、内胚层(endoderm)。外胚层和内胚层最终形成组织的鞘，即上皮(epithelia),覆盖在器官的外表面和内表面。外胚层形成上皮覆盖在外表面(皮肤和腺体)，以及中性组织；内胚层分化成的上皮覆盖在组织的内表面（胃肠和相关的腺体）；中胚层最终发育成扩散的海绵网状间充质细胞（mesenchyme cell），这些细胞形成支持细胞，如肌肉、软骨、骨、血和结缔组织。在原肠胚中形成的新的细胞关系，激发了细胞;细胞相互作用、代谢的变化、细胞的移动，最终形成组织和器官。
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