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含有氨基的羧酸都是氨基酸,但在生物体中存在的氨基酸种类不多。组成天然蛋白质基本结构的氨基酸共有20种。这些氨基酸都是α-碳氨基酸,即氨基和羧基都连在同一个α-碳原子上。α-碳原子还连接1个氢原子和1个侧链基团。侧链基团通常用R表示。20种氨基酸的R基都不相同。氨基酸在生理pH(约为7)时为离子式,其通式是: 从式中可看出,除R=H(甘氨酸)外,氨基酸的α-碳原子是手征性(不对称)碳原子,是分子的不对称中心,它连接着4个不同的原子或基团。因此,除甘氨酸外,所有α-氨基酸均为旋光活性物质。一般用构型表示手征性碳原子周围4个原子或原子团在空间排布的立体关系,而将手征性化合物分成D-型和L-型两种异构体。规定以甘油醛为参考化合物,将甘油醛的醛基写在分子的顶端,则手征性碳原子周围的原子或原子团有两种排布方式:羟基在碳原子右边的叫D-甘油醛,在左边的叫L-甘油醛。参照甘油醛的构型,将α-氨基酸的羧基写在分子的顶端,则氨基在手征性碳原子右边的是D-氨基酸,在左边的是L-氨基酸。氨基酸的构型与其旋光性质没有一定的关系,有的L-氨基酸使偏振光平面向左旋转,为左旋体;另外一些L-氨基酸能使偏振光平面向右旋转,为右旋体。天然蛋白质中的氨基酸单位都是L-氨基酸,生物中虽也存在某些D-氨基酸,但它们不是蛋白质的成分。构成蛋白质的20种基本氨基酸有不同的R基,因此可以根据R基的性质,特别是其极性 < 1 > < 2 >
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