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机器人、数据分析软件包. 在既定的状态下，定量研究蛋白质的表达水平，或者计算机辅助数据库系统建立可将实验推进一步.因此，蛋白质组分析技术联合蛋白质数据库，计算机网络和其他软件包合在一起称为蛋白质组的机控百科全书(Cyber-encyclopaedia of the proteome). 蛋白质组和基因组共同分析可以产生大量的数据. 当评估每一个数据库的价值时，难免要考虑两个条件：1)数据库是否在任一时刻保持最新；2)何时能够相互连接，且以整体状态评估. 目前的发展趋势：1)信息量呈指数增长；2)蛋白质组计划的实施会产生新的数据库；3)致力于模拟细胞内蛋白质的相互作用的新型数据库；4)建立高级、智慧型的咨询工具是必需的.
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