R-DNA

与另外两个碱基都发生相互作用。图3-29中给出了（AT）：A、（GC）：G、（CG）：C、（TA）：T4种三螺旋的相应三碱基体。在（AT）：A三碱基体中，第三条链上的腺嘌呤碱基（以深色表示）与双螺旋上的A和T碱基各有一个氢键形成，H…O和H…N的距离都在正常氢键键长范围内。除了氢键作用外，在H2和N7之间的静电相互作用对稳定三碱基体也有一定的贡献（图中以斜杠表示静电作用）。在三碱基体（GC）：G中，第三个碱基G与第二个碱基形成两个氢键，与第一个C形成一个氢键。三碱基体（CG）：C、（TA）：T存在两种C的不同位置，分别以（CG）：C和（CG）：C，（TA）：T（TA）：T表示。当三螺旋在水溶液中时，水分子也参与了三碱基之间的相互作用（图3-29e）。在（TA）：T三碱基中，水分子作为媒介将第三个碱基T的O4和第一个碱基A的N7用氢键连接起来。同时Zhurkin等发现R-链上每一个碱基的电荷分布严格地与同源W-C碱基对大沟上的碱基电荷电性互补，因面提出了同源序列的相互识别可能是通过互补的静电相互作用进行的，即含有静电识别密码。
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