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动物体内决定生物时间节律的一种生物化学机制。室内和田间实验都已表明，很多动物行为的年节律、月节律和日节律都是由生物体内的生物钟控制的，在动物与外界环境隔离的情况下，各种行为节律仍然会表现出来。但在很多情况下，外部环境也存在着定时因素，它可保持生物钟节律和环境节律之间的同步性。当把动物与这种定时因素隔离时，动物的生物钟节律就会偏离环境节律。例如在固定不变的实验室条件下，蜥蜴仍能保持明显的日活动节律，这说明这种节律是内在的。但它又不是对外界温度和光照24小时周期节律的一种简单反应，因为在固定不变的实验室条件下，蜥蜴活动的24小时间周期与正常情况略有偏离，但这种偏离只要有轻微的环境温度波动就可以防止。在这里，环境温度显然是一种外在的定时因素。由于单细胞动物也表现有行为节律，所以一般认为，单个细胞就可以拥有生物钟机制。例如原生动物眼虫具有游动的节律性，这种节律是与太阳的移动同步的，如果把裸藻置于永久黑暗的实验室内，其游动节律仍然会显示出来。有些动物可以同时表现好几种行为节律，这表明动物可以有不止一种生物钟机制。
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