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原生动物的一个类群，有10000种左右，它们的运动器是鞭毛（flagellum），习称鞭毛虫。鞭毛是细胞表面的一细丝状突起，由于鞭毛有规律地摆动，使动物发生运动。一般具有1根、2根或数根鞭毛，有的种类则有许多根。大部分游离于体外，外被一极薄的质膜。鞭毛的基部在体内，末端具一小球形的基体（basalbody）。用电子显微镜观察，鞭毛内近周缘部分排列有9条双联体微管，中央有2条中央微管。由于微管相互滑动才使鞭毛产生运动。可分两大类，一类体内具有叶绿粒等色素体，能利用光能使自然界进入体内的二氧化碳和水合成碳水化物，作为自身养料，称为光合营养，与植物相同，这是比较原始的营养方式，故称植鞭毛虫。另一类鞭毛虫体内无色素体，可以直接从外界摄取溶解在水中的有机物质，此称为渗透营养，故称动鞭毛虫。鞭毛虫多自由生活，海水、淡水中都有，可作为鱼类的天然饵料，有些种类如裸甲腰鞭毛虫（Gymnodinium）繁殖过多时，可使海水变色形成赤潮，可毒死鱼类，为渔业生产的一大害。有的营寄生生活，寄生在人体或禽畜体内，造成很大危害。有的鞭毛虫为群体。
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