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与串联重复序列的组织形式不同的另一类重复序列是散在方式分布于基因组内的散在重复序列。这类DNA序列一般都是中度重复序列。根据重复序列的长度可以分为短分散重复序列(short interspersed nuclear elements，或short interspersed repeated sequences，SINEs)，长度在500 bp以下，在人基因组中的重复贝数达10万以上。重复序列单元长度在1 000 bp以上的称为长散在重复序列(longinterspersed nuclear elements或long interspered repeated sequences，LINEs)，在人基因组中有上万份拷贝。人类基因组中所有SINE之间的平均距离约为2．2 kb。在结构基因内部，结构基因之间和基因簇内，以及内含子中都有SINEs，但在结构基因的编码区内中还没有发现。
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