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“嘧啶型”三螺旋或嘧啶-嘌呤-嘧啶（Y·RY）型三螺旋中，第三条嘧啶链以平行于Watson-Crick双螺旋中嘌呤链的方向，缠绕到双螺旋的大沟上；专一性地与嘌呤链结合。例如，典型的Y·RY型三螺旋T·AT和C ·GC，其专一性体现在T对AT，质子化的C对GC的识别。这些三螺旋的结构基本单位是三碱基体。T·AT和C ·GC三螺旋的链3和链2的碱基以两个Hoogsteen氢键配对，不影响链1和链2间的相互作用。近年来的核磁共振实验表明：Y·RY型三螺旋也包括三链复合物G·TA、T·CG和X·GC（X=A、G、T）。在G·TA三螺旋中，第三条G链的糖环构象采取N型，而其他的两条链上的糖环构象大部分是S型。在T·CG三螺旋中，碱基T和C之间仅以一个氢链相连。在Y·RY型分子内三螺旋X·GC（X=A、G、T）中，第二条链和第三条链的碱基之间都是以一条或两条氢键相连。这些三螺旋不同于典型的T·AT和C·GC三螺旋，氢键配对没有严格的限制。自从Arnott等根据低分辨率的X射线衍射得到d(T)n·d(A)n·d(T)n
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