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内卷入，胚孔逐渐成为马蹄形，最后形成环形胚孔，胚孔内的乳白色细胞称卵黄栓。胚孔处凹陷的沟逐渐扩大形成原肠腔，迫使囊胚腔缩小以至消失。围于原肠壁的为内胚层细胞，脊索中胚层通过背唇卷入，脊索两侧的中胚层也相继卷入，形成中胚层。留在胚胎外部的细胞形成外胚层。 虽然原肠胚期形成了三胚层，但胚体形态仍是圆球形，随后胚胎开始伸长，背部开始形成神经板，进一步形成神经沟与神经褶，最后形成神经管。神经管和其下的脊索构成胚体背部中轴，胚体逐渐形成圆柱形。原肠随胚体的伸长也变长，并分成前、中、后肠3部分。中胚层的出现和分化更为复杂，脊索两侧的背部中胚层形成体节板，随后形成体节，再进一步分化为生肌节、生皮节和生骨节。侧部中胚层分裂为两层，外层接触外胚层，为体壁中胚层，内层接近原肠，为腔壁中胚层。两层之间的腔即为体腔。在此基础上，胚体各器官原基进一步形成，并逐渐分化形成定型器官。胚胎发育形成的幼体（蝌蚪）从卵膜孵出，继续进行胚后发育。
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