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同源异形盒(homeobox)是同源异形基因中都具有的保守基序。控制果蝇发育的3组基因:母体基因,分节基因和同源异形基因。其中的一组调节另外两个中的一组基因和编码结构基因的靶基因。调节基因之间的相互作用是通过分析其它基因发生突变时相应基因的表达改变来确定的。但目前只鉴别出少数几个结构靶基因,3组调节基因作用在靶上,使得身体的各部分产生分化。分节基因编码的蛋白调节转录,3个裂缺座位(hb,kr,kni)基因含有锌指模体。在转录因子TF和SP1中的模体是负责和DNA连接。裂缺基因中其它座位的产物也有DNA-结合模体;giant编码的蛋白具有氨基酸拉链模体;而tailless编码的蛋白与类固醇受体相似。这表明裂缺基因的一般功能是转录调节。在很多同源异形基因和分节基因中发现了保守的模体。普遍的模体是同源异形盒,它是位于各种分节基因和同源异形座位转达录单位3'端附近的180bp的区域。此序列是开放读框的一部分。在这个序列中密码子的第三个碱基常发性改变。同源异形盒的大小及序列都是固定不变的。约有40个基因含有同源异形盒,而且这些基因几乎都和发育调节有关(同源异形盒是通过它在同源异形基因中超优势度(predominance)而首先被鉴别出来的,因此而得名)。由同源异形盒编码的蛋白序列称之为同源结构域(homrodomain)。果蝇的同源结构域分成为几组,主要是由BX-C/ANT-C复盒座位 < 1 > < 2 >
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