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虽然具有二组相同的染色体组，但有一个或多个基因是单价的，没有与之相对应的等位基因，这种合子称为半合子。例如果蝇雄体系由一对不同的XY性染色体所决定的，在雄果蝇中X染色体上的基因在细胞中只有一套，所以成半合状态。这时由于隐性基因的作用可以表现出来，所以具有一个白眼基因w的雌果蝇（w／＋）是红眼，雄果蝇（w／Y）则是白眼。含有这种基因座位的染色体部分发生缺失的染色体在发生交换重组后也同样呈半合状态，这时雌果蝇只带一个w基因而表现为白眼。
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