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国科学院知识创新方向性项目“重要海水养殖生物新品种与新技术的研究开发”也分别于２００１年和２００２年启动。这几个项目虽然在侧重点上有所不同，但均选择了我国主要海水养殖经济动物的分子标记和功能基因为主攻对象。５年来，项目组协力攻关，在多个方面取得了重要进展，分别构建了海洋动物功能基因研究的关键技术平台，获得了大量表达序列标签ＥＳＴｓ 和功能基因，并对重要的特殊功能基因的时空表达谱、组织表达特异性、重组表达等进行了深入系统的研究，使我国海洋生物功能基因研究实现了跨越式发展，进入国际先进行列，并全面系统研究了对虾扇贝与免疫和性别控制相关的功能基因，从分子水平揭示了海洋无脊椎动物的免疫遗传学基础，同时建立了我国首个海洋经济动物的分子信息数据库及分析平台，提供了查询、提取、交换、数据分析等服务，逐步形成我国经济海洋生物分子信息汇集和研究中心，为进一步深化功能基因的研究及其产业化应用奠定了坚实的基础。
该项目瞄准国际前沿水平，在对虾扇贝基因组方面所获得的对虾、扇贝ＥＳＴ序列和功能基因均获得了国际基因数据库（ＧｅｎＢａｎｋ）注册，无论是在研究的数量上，还是在研究的种类上，与国内外同类研究相比较均具有明显的优势。科研人员同法国等６个国家共同承担的欧盟第五框架协议项目，进行了虾贝类抗菌肽和分子标记辅助选育等方面的研究工作，其研究的深度和广度得到了国际同行的较高评价。
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