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通过海洋生物技术各研究项目的全面实施，到2005年在我国沿海地区初步建立起拥有国际先进仪器设备和实验条件的海洋生物技术研究体系，并在海水养殖、天然产物开发和海洋环境保护等主要研究项目方面基本上解决制约本领域发展的一系列重大科技问题，在基础理论上有所贡献，在高新技术发展上有所突破，并初步带动起一批高新技术产业，使本研究领域在国民经济的发展和社会进步中作出重要贡献。其目标为：
在海水养殖生物优质、健康、高产种苗的培育方面到2005年，在基因工程、细胞工程等高新技术育种研究方面有明显的突破，基本解决转基因海洋生物的定点整合、组织特异性表达和安全养殖问题；建立起完善的虾、贝类四倍体育种技术。培育出3个～5个生长快且抗病力强的鱼、虾、贝类新品种和优质高产海藻新品种。建立鱼、虾、贝、藻的种质库；建立鱼、虾、贝的胚胎细胞系；建立大型海藻单克隆无性繁殖系。在抗盐、耐海水植物品种培育方面，驯化出野生抗高盐、耐海水植物，并使之作物化的品种达8种～10种，通过生物工程育种与传统技术相结合，培育耐海水的农作物品种5种～10种，初步建成盐碱滩涂栽培及海水无土栽培试验基地。
在海水养殖生物病害防治关键技术及健康养殖工程方面到2005年，完成与海水养殖生物病害的病因、各种病原体致病机理、
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