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科学家表示，一般人认为咖啡有害心脏健康，加重胃的负担，甚至可能引发癌症，但背负种种罪名对咖啡来说却是不公正的，一些健康危害被人们误导。
国际咖啡科学协会称，咖啡实际上能够降低一些疾病的发病率，比如说帕金森氏症和糖尿病。一个身体健康的人每天最多喝6杯咖啡并不会导致心脏或消化系统损害。然而近200年的医学研究却一直对咖啡持有偏见，根本原因在于咖啡中所含的兴奋剂―――咖啡因。
实际上，咖啡给人们带来的好处远超过人们的想象。咖啡中含有绿原酸和黑色素，可以“诱捕”破坏DNA的自由基或原子粒子以及与预防细胞受损有关的强抗氧化剂。
斯德哥尔摩卡罗林斯卡研究所的贝蒂尔·弗雷德霍尔姆在会议上强调：“有关流行病的强有力的证据”显示，咖啡可以预防男性帕金森氏症。赫尔辛基大学专家贾雅柯·图米里特也表示，每天饮用5到6杯咖啡能够将与不良饮食习惯和缺乏体育锻炼有关的Ⅱ型糖尿病的发病率减少一半，如果每天饮用10杯则可减少80%。”
维也纳医科大学的齐格弗里德·卡纳斯穆勒指出，在预防DNA氧化损伤方面，咖啡的表现要比水果和蔬菜更为出色，DNA氧化是多种严重疾病的根源，尤其是癌症。但与此同时，咖啡中也确含有一些潜在的致癌物。美国毒物学顾问詹姆斯·克夫林就已找到了大约30种，虽然尚没有研究显示咖啡与癌症间存在关系。
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