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《公开信》认为两大内在原因使学术腐败越演越烈。首先，教育部和各大学还没有形成处理这类事件的规范程序，甚至没有常设机构；再者出现相关机构处罚不力和大学袒护造假学者的“本校保护主义”。
“学术不端与腐败现象的存在和猖獗，并不仅仅是学者个人道德问题，更是一个社会转型时期结构性问题或体制性问题。”邓正来分析，“因此对学术不端与腐败的根本整治需要持久的教育和学术制度改革。”
《公开信》明确，此次行动针对的是人文社科中任何一位教授和研究员。监督“行为”是指接到违背学术纪律的投诉，组织专家进行匿名审查，以查证是否构成剽窃、造假或者是腐败行为。如果一旦发现学术腐败者，教育部和学校一定要对其进行处理。否则，所有签名教授集体辞去教授之职，只履行教师职责。
如果有教授和研究员发生剽窃、造假或腐败的现象，《公开信》强调，经“学术纪律仲裁委员会”查证和认定，而当事人有关主管单位仍不作出严肃处理，相应受到的惩戒是，向“学术纪律仲裁委员会发出投诉或要求复审；向当事人有关主管单位发出督促处理的公开信，通过各种有效途径向国内外学界公布违规者的劣行；号召国内外专业学术刊物和出版社抵制违规者的论著”。
“最终目的，为了中国学术的健康发展和良性发展，严肃惩治学术腐败。”《公开信》指出。
“知识精英应该担负为社会提供动力和榜样的责任，这也是邓正来们倡议这封信的原因之一，”《公开信》署名者之一、中国人民大学哲学院教授干春松4月15日接受记者采访时解释，“如果社会没有榜样性人物存在，而是卷入大量利益代言人氛围中，那么最终导致的结果就不光是存在学术腐败现象了。”
干春松透露：“写这样一封公开信，压力是很大的，当然也有动力，比如要比以前更加注意学术规范、引用注释到位的事情。”
《公开信》公之于世后，通过互联网获得了最大的影响。“后来看网上反映说《公开信》意在让教育部设立一个学风监督委员会，其实很不现实，因为容易监管不力。”干春松说。
关于广大网民为何把《公开信》的矛头，理解为直指教育部，于春松解释：“这也是没有办法的事情。当然很多制度性的评判标准是教育部出台的。但是，教育部也有苦衷，它并没有下命令让学校搞以数量取胜。”
“但教育部会有许多评价体系，985工程、211工程什么的，在它的审定中，设立一个个量化标准，这就迫使学校去追求形象工程。”也有专家告诉记者。
由于高校评价体系标准，不在学者手里掌控，因此当群体之间评价发生很大偏离时，就会影响到学术竞争平衡。“比如我是认真在做某课题，但另外一个学者抄袭很多，并在一个评价系统里，又拿课题又拿经费，就是劣币驱逐良币，而我却一无所有，良币的生长空间也就越来越小。”干春松分析。
“在学者作假后是各个学校开始互相攀比、互相包庇抄袭行为。比如某高校某位行政高层就说，‘出现抄袭什么的，那是学校的事情，当然要稍微罩着点。’”干春松说。
“发生造假事件的单位也不愿意扩大事态。”北京化工大学校长王子镐前不久对记者分析，这是由于个人和学校是一个利益共同体。
“现在的评价体系非常急功近利。一个单位方方面面都有指标考核。比如说，大学里学生有指标，不少学校要求博士生发表多少篇SCI(科学引文索引)也有指标。”王子镐说，“老师也有考核指标，要竞争上岗，这个竞争一直延伸到当上院士才可以结束。而所有的这些指标汇总到最后，就成了学校的综合实力。”
正是凭借这些指标，学校与其他学校竞争，可获得资源优势，比如重点学科的审批、进入211工程等。结果是压力逐层下移，学校把压力转移到学院、学院转移到老师、老师转移到学生。
“要真正杜绝抄袭剽窃之风，有必要看到抄袭剽窃后隐藏的深层原因，看到它并非‘学术腐败’的全部。”何怀宏指出，抄袭剽窃在广义上也可以说是一种“学术腐败”，它并不是孤立存在的，而是和机构制度性的“学术权力腐败”有着紧密联系。
既然导致学术腐败的原因是多重的，那么除了学术界自律之外，还有没有他律途径？
武汉大学党委书记顾海良3月11日曾表示，高校应赋予学术委员会、教授委员会评判和评价是否有学术腐败的职能。
顾海良早在2004年11月在教育部社政司主办的“全国高校学术规范与学风建设论坛”作报告时便指出：“加强学术规范不仅要成为学术界的一种强势舆论，而且要有针对当下学术失范现象给予根本性的制止。”
“对于学术规范，要靠社会舆论，靠学术界互相监督，也靠学校建立比较健全的权威机构‘学术委员会’、‘教授委员会’。”顾海良指出。
然而，对于引用和抄袭如此明确的界定并不能使抄袭者却步。
“因此，一旦发现学者抄袭，就应该要求他承担相应后果，”中国政法大学人文学院教授杨玉圣说，“抄袭既然违背了学术规范，因此在学术行为上是不光彩的，应该受到谴责；同时，抄袭又侵犯了他人知识产权，有关当事人应受到法律制裁，并承担民事责任。”
北京理工大学经济学教授胡星斗亦指出，抄袭论文一方面要承担道德方面的责任，因为中国社会学术失范是整个社会失范的体现，一些不良剽窃行为应该受到道德上的谴责；另一方面应承担有关法律责任：公开赔礼道歉，赔偿损失；停止侵害，消除影响；并在有关媒体上给予澄清。这样才能逐步在学术上形成一个端正的风气。
《中华人民共和国著作权法》第46条“侵权著作权的民事责任”规定：“剽窃、抄袭他人作品的，应当根据情况，承担停止侵害、消除影响、公开赔礼道歉、赔偿损失等民事责任，并可以由著作权行政管理部门给予没收非法所得、罚款等行政处罚。”
据了解，教育部也在积极酝酿《关于惩治学术不端行为的意见》，并希望通过可操作性法规的出台，制约和惩治形形色色的学术腐败行为。同时，科技部也出台了一些惩治学术不端行为的相关政策。科技部部长徐冠华宣布，科技部计划为造假者建立“污点”档案。
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