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疑各不同
韩国胚胎干细胞研究的带头人黄禹锡涉嫌犯有《特定经济犯罪加重处罚法》中的欺诈罪和挪用公款罪，非法购买卵子的行为也涉嫌违反《生命伦理法》。
检察机关相信，黄禹锡直接授意自己研究组的成员在2005年论文中捏造干细胞个数、DNA分析结果等关键实验数据，编造了论文。黄禹锡还曾经要求下属研究院朴钟赫提供“质量好的”但是虚假的干细胞照片。在编造的论文发表之后，黄禹锡以虚假论文为依据，夸大干细胞技术的可行性，从不同单位两次“骗取”20亿韩元。
调查显示，黄禹锡涉嫌使用虚假增值税发票侵吞近2．5亿韩元的研究经费，通过开设假名银行账户等洗钱手段贪污近6亿韩元的研究经费。这些钱绝大部分来自韩国政府和政府下属机构的科研基金。调查还发现，黄禹锡通过在韩国国内支付韩元，在美国收取美元的方法进行非法外汇交易，涉案金额达到2亿韩元左右。
在韩国《生命伦理法》生效之后，黄禹锡以不孕手术费等名义，非法向韩国汉拿山医院的25名患者提供3800余万韩元，作为取得卵子的代价。直至2005年12月黄禹锡“卵子风波”沸沸扬扬之际，黄禹锡（合法地）向数十位韩国政界人士分154次提供了5490万韩元的-资金，同时还向赞助干细胞研究的企业高层赠送了1400多万韩元的礼物。
在共同研究中负责培育干细胞的米兹梅迪医院研究员金善钟涉嫌犯有妨碍公务罪和毁灭证据罪。
检察机关判定，金善钟隐瞒了黄禹锡和其他研究人员，在实验室2号胚胎干细胞死亡的情况下，私下多次将米兹梅迪医院的受精卵干细胞混入黄禹锡实验室的胚胎干细胞培养容器内，对胚胎干细胞研究造成了重大妨碍。此前金善钟还曾经在黄禹锡实验室的犬类胚胎干细胞实验中私自使用人类干细胞代替狗干细胞导致试验失败。
为了毁灭证据，金善钟还要求米兹梅迪医院有关人员消除他取走受精卵干细胞的记录。
黄禹锡的合作伙伴李柄千、姜成根、尹贤洙被检察机关以欺诈罪起诉。他们利用伪造增值税发票、虚假采购等手段分别贪污了2.96亿韩元、1.12亿韩元和5800多万韩元的研究经费。
检察厅还对涉嫌违反《生命伦理法》、参与供卵的汉拿山妇产科医院院长张尚植提起公诉。
国立科学调查研究所研究室长李良汉为黄禹锡研究室提供DNA分析时收受了200多万韩元好处费，虽然免予起诉，但是被检察机关向研究所通报。
“英雄”从此去 民心犹不平
韩国联合通讯社报道说，检察厅记者会召开之后，上述当事人全部关闭了手机，无法联络。5月11日有记者曾拨通了黄禹锡的电话，黄禹锡表示，“（心情）很难过，现在不想说什么，以后再说吧。”黄禹锡的律师表示，黄禹锡目前还没有就检察机关的调查结果公开表态的计划。
韩国《朝鲜日报》报道说，韩国市民和网民们得知大检察厅的调查结果，纷纷表示失望和愤怒。诚然许多韩国人对黄禹锡的科研成果仍抱有着期待，令更多人愤怒的是，为了这些并不存在的科研结果，黄禹锡实验室花费了超过160亿韩元的巨款。
而检察机关做出的不拘留起诉决定，似乎过于从轻发落了。
据统计，韩国科技部等政府单位已经拨付给黄禹锡的研究经费为287．5亿韩元，黄禹锡使用了其中的164．4亿韩元。政府下属机构、民间团体和个人等资助黄禹锡的研究经费无法确切统计，但是黄禹锡已经使用了96．8亿韩元。即使按照较早的汇率计算，黄禹锡的花销也已经超过2亿人民币。
其中，黄禹锡骗取和侵吞的经费达到了28亿韩元之多。这些钱，是黄禹锡有意染指的。检察机关披露说，黄禹锡掌握的银行账户多达63个，黄禹锡的亲戚曾经一天之内多次出入银行，替黄禹锡大肆洗钱。
韩国媒体评论说，黄禹锡的道德问题已经超越了科研成果问题，成为他的致命伤。
公平地说，在韩国严格的金融监管之下，黄禹锡为了试验的顺利进行，必然可能会采取一些调动资金的手段。而且，今天发表的调查结果至少也证实了黄禹锡前一段时间的主张，即对于调换干细胞一事他毫不知情。事实上，黄禹锡作为这一事件的原告，他胜诉了。那么，有关对干细胞论文造假事件的分析似乎可以采取另一种立场——黄禹锡受骗了——给韩国干细胞研究带来最恶劣影响的人不是他，而是他的合作伙伴、负责克隆胚胎干细胞的金善钟。如果这样，韩国舆论也应该像一小部分至今还在坚持的黄禹锡的支持者那样，对黄禹锡表示同情。
事到如今，在重视伦理的韩国，黄禹锡东山再起的可能性已经很低了。有人说，黄禹锡事件是韩国式社会带来的悲剧，韩国人对英雄人物的追捧，韩国科研体系固有的问题，葬送了一个本可以很伟大的天才人物。
但是韩国的干细胞研究却仍然需要继续。就在今天，韩国政府表示，为避免已达到国际水平的干细胞研究技术被埋没，决定由科技部和产业资源部等制订并推进泛部门的综合计划。由政府和专家组成的有关专家组初步计划在2015年进入世界干细胞研究三强，占领全球市场的15％。
也许最紧迫的问题是科研伦理和科研管理问题。韩国知识界已经对此达成了许多一致。
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