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基因食品可能产生新的有害物质或过敏源，比如人们就担心转Bt基因抗虫水稻有致敏作用，而这类产品尚未得到我国以及一些国家的发售许可；自身能制造杀虫毒素的转基因作物，毒素可能伤害其他生物，或进入食物链威胁家畜与人类健康；转基因作物可能与野生亲缘作物杂交，造成“基因污染”；抗虫害的转基因作物，可能导致对其毒素有抵抗力的害虫获得生存优势，成为新的“超级害虫”。
如何对待转基因食品
对待转基因产品，我们必须重建科学伦理，妖魔化不仅仅是转基因技术的不幸，更是科学的倒退。就像火药，成为武器的罪责并不在于技术本身，而在于掌握技术的人。世界卫生组织去年六月发布了一个专项报告，报告肯定转基因食品有助于增进人类的健康和发展，但是也指出转基因食品销售之前，必须进行安全评估，以预防对人类健康和环境造成危害。随着生物技术的日益发达，并非只有转基因需要重建伦理，比如克隆技术也身处相同的境遇。
实际上，自然界中的基因重组一直都没有停止过，人类今天种植的普通谷物正是几千年来自然选择和人为选择的结果。我们在吃这些食物时，就吃进了从这种食物的野生亲缘种来的抗病基因和各种其他基因，这是一般人没有意识到的。传统的杂交育种会引入成千上万个新基因，其中许多基因是人类尚不了解的，不知道会引起什么后果。而转基因技术只是在已经普遍种植的作物品种中，加入一两个已知性状的新基因，因此它培育新品种的效率更高，而风险并不一定比传统育种更大。
据报道，包括婴儿食品在内，转基因食品目前在美国市场上已接近4000种，有两亿人食用，近十几年来很少有关于转基因食品安全问题的报道。到目前为止，全球实现商业化的转基因作物种植面积达几千万公顷，也没出现确定的环境安全问题。
转基因技术是一种新的尖端生物技术，在提高粮食产量、减少农药使用、生产含有更多营养成分的健康食品方面有巨大潜力。公众存在担忧情绪，主要是怕它被错误地利用。一些学者认为，与任何食品一样，转基因食品的安全性需要慎重对待和严格管理，转基因作物对生态环境的长远影响也需要更多的跟踪研究。面对转基因食品，我们需要的是严格的食品安全把关制度，及时制止未经允许就擅自加入转基因食品成分的行为。此外，我们也要具备严谨的科学态度，对于转基因产品，不能片面地给予排斥。
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