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R> WHO认为，如果迁徙鸟类的新角色被确定，将标志着H5N1病毒和自然野生鸟类宿主之间长期稳定的关系出现变化。
越来越流行的迁徙鸟类理论使保护管理论者担心会导致鸟类被不分青红皂白地宰杀。
国际鸟类生命组织会员Richard Thomas博士说：“亚洲和东欧爆发形式并没有遵循任何已知的鸟类迁徙路线。”英国鸟类保护皇家学会的鸟类学者Andre Farrar说：“如果是迁徙鸟类传播H5N1，这种疾病将会在其他地区散发。如果迁徙鸟类是主要传播方式，我们应该在澳大利亚看到，但是那里没有。已有文献表明，鸭子可以在感染H5N1后仍旧存活，并且可以为病毒提供庇护所，我们都忽略了这一点。”
他说将注意力集中在迁徙鸟类中可能会忽视其他更有效的抗击禽流感政策，如公众教育、生物保护措施、限制家禽活动。
保护主义者说，前两周感染国家的成千上万只健康的野生鸟类被检测，但是没有发现禽流感病毒。而感染H5病毒的野生鸟类已经死了，如2005年10月在克罗地亚发现的天鹅。提示它们是受害者，而不是携带者。鸟类生命组织说家禽贸易更可能是传播途径。他们在一项声明中说：“韩国和日本是两个进口感染鸭肉后出现家禽和野生鸟类中H5N1禽流感流行的国家。两个国家都采取了宰杀疫区周围感染家禽，严格限制家禽和禽肉进口策略根除病毒。此后尽管每年秋天成百上千的野生鸟类经过，两个国家都没有出现病毒复发。”
保护主义者还对在一些国家（从马达加斯加到越南）因为害怕禽流感而宰杀野生鸟类的报道感到担忧。
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