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磁场发生相互作用，在太空中会沿直线传播，通过对伽马射线的观测就可以确定宇宙射线源。高能立体镜系统还可用来研究脉冲星和活跃星系中心的结构。
宇宙中以很大速度运动的粒子通常是伽马射线源，研究宇宙射线能使天文学家更好地了解像超新星、活跃星系中心黑洞这类粒子的加速机理，超新星和黑洞会朝相反两个方向喷射接近光速的粒子“射流”。正在湮灭的巨大粒子也可以是宇宙射线源，宇宙中的“暗质量”很可能就聚集在湮灭的巨大粒子中。在伽马射线进入地球大气层时，会引起所谓的电子-正电子对的产生，电子-正电子对同样会产生切连科夫辐射——微弱闪光。高能立体镜系统记录的将正是这些闪光，因为在这种情况下地球大气本身是探测器的一个组成部分，探测器的灵敏度会大大增强，从而有可能观测到比原先减弱很多倍的伽马射线源。
英国杜尔汉姆大学科学家在高能立体镜系统合作计划中负责记录切连科夫辐射摄影机的校准，以及研制能检测大气层状态的装置。这项工作的重要性很难评估，因为像云团这样的大气形成会最显著地削弱伽马射线流。
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