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来自于同一个母本的线粒体基因，在时间的长河中以一种相对稳定的速度变异。假设变异速度为每一万年变化一个碱基，再假设甲乙之间在线粒体上的差异是3个碱基，很显然在大约3万年前两者线粒体都来自于一个女子的最初版本。在3万年的时间中，各方的线粒体代代相传，一共发生了3次突变，
换句话说，在3万年前两者必然有一个分叉点。而处于该点上的母亲是最靠近他们的纯粹母系的共同祖先。
由于线粒体DNA在复制中的随机差错，在人拉的线粒体DNA中会有几处差异，根据差异的数量，可以推测出其祖先是在多久以前分岔的，这里所说的不是所有人的祖先，而是人们在女性--女性--女性……一线上的祖先。
如果某人的母亲是位纯粹的澳大利亚土著人，或者是一位纯粹的中国人，或者卡拉哈里土著人，那么，他与别人的线粒体DNA之间确实会有许多不同。至于其父亲是谁对线粒体没有任何影响。
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