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，这也增加了水稻基因发现的难度。
再一个有趣的差别是，人类基因组、拟南芥基因组和水稻基因组三者比较，都有一些没有功能的“垃圾”碱基序列，即这些序列不编码蛋白质。但是，水稻的“垃圾”序列一般位于基因之外，而人和拟南芥的“垃圾”序列则位于基因之内。这既是水稻基因小而人的基因大的原因，也是水稻区别于人类基因的奥秘之处。但是研究人员认为，无论是人还是水稻基因中的“垃圾”序列，都有可能蕴藏着巨大的宝藏，只是人们现在还不理解而已。比如，杂交水稻的的杂种优势就可能与“垃圾”序列有关。
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