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是不是百分之百的“复制”？
在此次克隆牛工程的实施过程中，马教授也发现了许多新情况，其中之一是克隆技术并不能百分之百地原样复制，在克隆和胚胎移植过程中会有一些遗传信息的损失。就好像拷贝软盘，也不可能做到百分之百和原盘一样。虽然损失信息的数量极其微小，但对克隆牛会有什么影响现在还不知道。
“我们在实地观察中还发现，怀克隆牛的母牛奶头都是瘪瘪的，不像正常怀孕的母牛那样涨鼓鼓的。这也说明克隆牛胎在“养母”肚子里给养母的信息和正常牛胎有差异。差异在哪里，现在也还不知道。”
四、产业化会导致克隆技术走弯路吗？
一些媒体尖锐批评此次克隆牛项目是科学向企业利益屈服，这一观点遭到两位教授的批评。陈大元教授在新闻发布会上郑重声明：虽然克隆牛技术是一个尖端科研项目，但这个项目本身有自己的目的——克隆牛产业化，以此改造全国的牛群。让奶牛产更多的奶，肉牛产更多的肉。
马世援教授表示：“即使为了搞清楚克隆技术中许多还不清楚的问题，也非常有必要让克隆牛产业化。实验室的技术研究和产业化生产其实是相互促进、良性循环的。新技术研究给生产提供新的方向，能产生巨大经济效益，而产业化生产则给技术研究提供更多的样本。如果没有更多的克隆牛做实验品，怎么进行深入研究？”
五、克隆动物是不是更爱得病？
深圳的克隆牛(胚胎来自新西兰)喂奶被呛死，第一头克隆羊“多利”最近又查出患了关节炎，有不少人认为这是克隆动物本身的问题。陈大元教授认为这些看法非常片面。“谁说多利的关节炎一定和它是克隆动物有关？难道非克隆动物就不得关节炎吗？”陈教授认为应该仔细调查后再下结论。如果“多利”的样板羊的同种羊群里本来就有羊生关节炎的情况，那么“多利”也有关节炎是非常正常的事情。另外，喂养过程中的外界环境里也可能存在许多致病因素，这些都和克隆动物本身没什么关系。至于深圳克隆牛被奶呛死，就更和克隆技术无关了。
六、克隆动物是不是一定短命？
研究表明，动物的寿命和体内染色体末端的基因——端粒的长短有关。年轻动物的端粒长，而年老动物的端粒则变短。有人据此推断：克隆动物既然是按照成年样本复制的，那么刚生下来的克隆动物的端粒就已经和成年动物一样短了，他们的寿命肯定不长。陈大元教授否认了这种观点。他表示，在实际操作中，已经发现年幼的克隆动物端粒在体内端粒酶的影响下变得很长，和成年样本出现差异。所以，克隆动物的寿命不会比一般动物短。
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