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记者：你怎样看待部分媒体给你的“学术道德警察”的称号？
方舟子：我揭露学术造假和伪科学，只是任何公民都享有的言论自由，不代表官方，也不具有任何公权力，所以和警察是不一样的。说我是“学术道德警察”，只能说是一种不太恰当的比喻，我本人并不喜欢这种称呼。
记者：在新语丝上揭露出的绝大部分案例都没有引起有关部门的重视，大多都不了了之了，包括你对中医的批判，也并没有得到官方的认可，对此，你有怎样的想法？
方舟子：学术造假和伪科学在中国的泛滥，是很多因素造成的，其中一个很重要的因素就是该管事的部门不管事。对此我早有心理准备，并不抱有太大的希望。我只要能把事实的真相揭示出来，让一部分公众不受蒙骗，能触动一点是一点，就够了，至于有关部门是否能够重视，不是我管得了的了。偶尔有人因为造假受到处理，反而是一种意外之喜。
记者：你希望自己的努力达到怎样的理想效果？
方舟子：我的理想是中国的学术界能够变得纯洁一些，知识界能够变得理性化一些，整个社会能够少一点愚昧，少一点欺诈。
2006年11月21日，北京市第二中级人民法院对“刘子华的八卦宇宙论”案做出民事判决，原告刘子华的妻子曾宇裳胜诉。2006年11月22日下午，西安翻译学院、丁祖诒与北京某报、方是民(方舟子)名誉权纠纷案在西安市长安区人民法院正式宣判，原告西安翻译学院、丁祖诒胜诉。
记者：最近的两起官司——“刘子华的八卦宇宙论”案和“西翻”案，法院均因名誉权问题判你败诉。有法律专家认为，法律的判断最终只能落实在由科学真伪问题引发的伤害、冲突上，而无法判断科学的真伪问题。对此，你有怎样的想法？
方舟子：“西翻案”与科学的真伪无关，而与新闻的真假有关，是一个很容易判定——而且教育部发言人也已公开认定的——虚假宣传案。
“八卦宇宙论”案倒是涉及到科学的真伪问题。我也认为法院没有能力去认定科学真伪问题，因此法院一开始就不应该接受这类涉及科学真伪的案件，应将其驳回。既然接受了这类案件，那么法院就应该找专业机构来鉴定科学的真伪，因为是否伪科学，与是否构成名誉侵权是密切相关的。如果“八卦宇宙论”是骗人的伪科学，那么说它“欺世盗名”就不构成名誉侵权。如果是正常的学术争论，说它“欺世盗名”才构成侵权。
记者：你对两起案件的二审判决持什么态度？
方舟子：“西翻案”的二审是在西安当地审，考虑到西安翻译学院在当地的势力和国内目前盛行的地方保护，前景不容乐观。“八卦宇宙论”的在北京高级法院进行二审，我想水平应该高一些吧。
在记者采访中，有一些科学工作者向记者表达了这样一些疑问，为什么‘方舟子的新语丝网站是在美国注册的？网站运营经费从何而来？为什么他的观点会“全盘西化”？’甚至，还有专家建议国家安全部全面屏蔽美国的“新语丝“网站。
记者：对于这些疑问，你的答案是什么？
方舟子：新语丝网站是我还在美国留学时创办的，所以当时就在美国注册了。网站运营经费是刊登的几则广告收入来维持的，因为我们的工作人员全都是不拿报酬的义务人员，所以运营费用并不高。
我从来不持“全盘西化”的观点，有人把科学当成“西方”的东西，把科学普及说成是全盘西化，是非常荒唐可笑的。我们的网站从事科学普及、打击学术造假和伪科学，不仅不危害中国的国家安全，反而是有利于中国科学和中国社会的健康发展，国家有关部门不应该屏蔽，反而应该支持、推荐才对。
记者：对于科学真伪的认定问题，你有怎样的想法？面对科学真伪产生的争议，谁应该成为权威的话语终结者？
方舟子：虽然对科学的定义和判断标准问题，在科学哲学界有一些争议，但是这并不意味着我们就无法辨别真伪科学了。对于什么是伪科学，科学界往往有很好的共识，一般不会有异议。广大科学工作者对科学的真伪有很好的直觉。对科学和伪科学的认定，应该听科学界主流的意见吧。
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