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大局和利益着想。这个弊端和中国已有的其他“大课题”相似。如果中长期规划的具体课题规模比已有的还大几十倍到上百倍，那么，问题可能更大。
评估“大课题”容易走过场
中国科技界已有说法，以后看谁科技贡献大，就看谁能发起和领导经费大的课题，而不是课题出了什么成果。领导大经费的课题不仅（体现）领导才能，而且体现了科学家为国、为民牺牲自己发表科学论文的优秀品德。如果课题是必需的，且真有成果，那么，不发表论文或者少发表论文，确实是舍己为人。
可是，这也可能成为只要申请到经费，越多越好，巨大经费的课题就可能不要经过真正的检验就可过关。小的科学课题通常最方便的检验是看在国际上发表同行评价的论文。虽然这种评价是有限的，但也不可能随便蒙混过关。
中国鉴定、评估“大课题”有一套做法。这就是由主管部门邀请国内专家组成的鉴定委员会。“大课题”本身就包涵了国内一个行业的许多人，而主管部门又绝对不希望说自己管的经费被浪费了。越是大笔经费，主管部门就越不能接受“浪费”的结论。所以，这样的评估，不用进行就已经知道结果。科学家之间，如果这次没有在某个课题里，下次可能在，所以，严格认真的也很少。这些事情，上下心里都有数。
“多半为自己利益说话”
既然“大科学”课题有很大的问题，那为什么没人出来反对？学生发言没人听，而部委领导和科学家多半因为自身利益无法向国家领导人表明意见。一个部委领导如果说不同意“大科学”课题，至少冒两个风险：如果国家领导不被说服，这个部委领导就可能让国家领导不高兴；如果其他部委热烈支持“大科学”，国家可能将支持给其他部委，而不给或少给提出正确意见的部委。
中国科学家被偶尔咨询时多半为自己利益说话（被咨询的机会少，且机会难得），而不是为国家利益说话。在知道国家准备支持大型科学课题的情况下，同样不愿意说出真实想法。这是中国官本位没有彻底解决而遗留的问题。
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