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传播病毒的机制研究方面做出了突出成绩，同时获得了博士学位，后来他又到美国一边攻读博士后一边从事研究工作。这时候的陈保善已经在国际病毒学研究领域有了一定的地位，在真菌病毒分子生物学和真菌病害的生物防治领域做出了一系列原创性的贡献，创造了几个世界第一，并获得了美国专利。
应该说，以陈保善的学识和能力，如果继续留在美国可以享受很优厚的生活。随着研究的深入，陈保善也发现自己所研究的新领域里可能会有比较大的突破，这对经济建设，医疗条件的改善都会有很大帮助。在这样的情况下，他毅然做出了一个决定：回国去。陈保善的妻子江漫告诉记者：“刚开始听到他要回国的时候，第一反应是有点意外，因为毕竟他已经在国外生活十几年了。当时我们拿到绿卡已经四年多了，按照美国的法律，五年就可以入美国籍了，那么放弃已经熟悉的在国外的一切，回到国内的话，当时有一点点担心。但我不会很吃惊。因为他一直就对我说如果有机会的话，他还会回到国内，回到中国。 ”
于是，1999年陈保善辞去美国马里兰大学高级研究员的职位，举家回国，回到广西大学从事科研和教学。广西大学的老师柏学亮是陈保善本科阶段的班主任，现在两人又同在一个实验室工作，柏老师对陈保善毅然回国的举动称赞不已：“ 他回来不简单。他是我的学生，和我谈得也比较多。他说，柏老师，我在美国一个月的工资比这里一年的还要多。他搞真菌病毒，在全世界排第五名的。为什么还要回来？爱国主义精神！”
确实，回到广西大学的陈保善除了请学校协助他申报国家有关科研项目外，没有向学校提出任何个人生活和其他的待遇要求。刚回来时，学校分配给他只有70多平米的旧房子，一个月只有700多元人民币的工资。对于这些，陈保善也没有任何怨言。
记者：“您当初放弃国外的优厚条件回到国内，心里是怎么想的？”
陈保善：“当时也没有想得特别多，我们总说，中国要实现现代化，那么要靠谁实现？肯定要靠人嘛。像我这样，我可以在国外做，但是在国外做对提高我们国家这个领域的竞争力没有什么贡献。回国做主要的前提是每一项成果会打上我们中国的烙印。在研究过程中我们也培养一批又一批科技人员。只有有了能够做事情的人，我们的事业才有希望。”
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