病毒不易鉴别。引起手足口病的肠道病毒包括10余个血清型，基层医院缺乏快速、简便的检测手段。金奇说，“有些肠道病毒的快速检测法需要特殊条件的实验室，乡镇、社区一级的医疗机构做快速检测的条件并不成熟，也不可能对每一例都进行实验室诊断。”
此外，在对手足口病的治疗上，目前还是以缓解症状、减少合并症的发生为主，缺乏特异的治疗手段。与针对细菌感染的抗生素相比，抗病毒药物的作用也非常有限。好在手足口病像其他病毒感染性疾病一样，有一定的“自限性”，症状轻微的患者可以在一周左右不治自愈。
金奇认为，目前还没有病毒耐药、变异或者毒力增强的证据，但手足口重症、死亡病例之所以增多，正是因为缺乏有效的抗病毒药物，“临床上，病程变化快和隐性病征是导致死亡的主要原因。”
据介绍，手足口病的病程变化可能非常快，EV71重症感染在10小时内出现神经系统症状，增加了救治的难度。此外，部分病例在初期不一定有典型的表征，比如，今年4月在广西发生的19例死亡病例中，大多未出现皮疹。
等待疫苗
手足口病的潜伏期为2至7天，传染源包括患者和隐性感染者，主要通过消化道、呼吸道和密切接触等途径传播。
曾光认为，在目前诊断、治疗方法有限的情况下，预防成为关键的环节。曾光告诉《中国新闻周刊》记者，目前主要通过一般行为性的手段进行疾病控制，如清洁卫生、隔离、减少接触、宣传教育、及时就诊等，他认为，“最理想的措施还是借助疫苗来控制疾病的流行。”
实际上，从2008年开始科学界就着手研发可用于儿童的手足口病特异性疫苗。北京科兴生物制品有限公司已在国内首家申报了手足口病相关疫苗的研发项目，他们研制的EV71型病毒灭活疫苗已于2009年12月24日向北京市药品监督管理局申请进入临床试验注册。在注册审批通过后，该疫苗将进入一期临床研究。据相关负责人介绍，疫苗至少需经过三期临床试验，每一期的结果都需要经过药监局的严格验证审批。
曾光表示，每一支疫苗都要对生命负责。他估计，针对手足口病的特异性疫苗用于人体还有一个相对较长的过程。
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