教育机构从容不迫的学术气氛适合于思考，而这是获取智慧的唯一途径。”他预见工程技术在医学和农业的应用，指出即使像原子弹这样的致命武器也对二战胜利作出了相当大的贡献，他引用了哈罗德·尤里教授的话：“我们希望消除苦工(役)、难堪和懊恼，给人们以愉快、闲暇和美丽。”
同年9月，钱学森和女高音歌唱家蒋英在上海结婚。两人是青梅竹马之交，他们的父亲是书院同窗、留日同学。蒋英的父亲蒋百里是军事理论家，她本人曾在欧洲留学10年，学习德国古典歌曲和女高音歌唱。12月，蒋英来到MIT，钱学森送给新婚妻子的礼物是一台德国制造的黑色大三角钢琴。
一年后，他们的儿子永刚出生。这时，他们的生活也发生了改变。1948年，古根海姆基金会决定在加州理工学院和普林斯顿大学新建两个喷气推进研究中心，两所大学都邀请钱学森担任新中心主任，加州理工学院的新校长李·杜布里奇亲自致函邀请。这段时间，钱学森也密切关注国内战争的进展。
1949年夏天，钱学森带着家人回到加州理工学院，担任戈达德讲座教授，兼古根海姆喷气推进研究中心主任。他的办公室就是以前冯·卡门的办公室。在这里，他的声誉几乎与冯·卡门相当。1949年，他写出第一篇论述核动力火箭的杰出论文。
这时，国际政治形势急剧变化。1950年，中国人民志愿军赴朝鲜参加抗美援朝战争，美国国内麦卡锡主义横行，政府大肆清理共产党，部分最优秀科学家的职业由此受到摧残，钱学森就是其中之一。
在加州理工学院读书期间，钱学森和马林纳等曾参加一个哲学、音乐和艺术小组的活动。1950年，他却因此被指控为美国共产党员，并突然被吊销了从事机密研究工作的安全执照，他的绝大部分研究工作因此被中断。
钱学森决定立即启程回国，但美国移民局却扣押了他的行李，又以莫须有的罪名将他在拘留所关押了两周。这时，女儿永真出生才一个多月。在李·杜布里奇校长等的大力营救下，他以1.5万美元被保释，之后是长达5年的软禁。据说扣留5年的理由是，他所掌握的机密5年后就过时了。
期间，普林斯顿高等研究中心主任、物理学家罗伯特·欧本海默曾致信杜布里奇，邀请钱学森到普林斯顿高等研究中心工作，但杜布里奇还是将钱学森留在了加州。这5年间，钱学森仍然致力于教学和研究，在工程控制论和物理力学两个领域作出开创性成果。
1955年6月的一天，蒋英巧妙地将钱学森给前辈陈叔通的一封信，夹在给比利时妹妹蒋华的家书中，投进了信箱。“无一日、一时、一刻不思归国，参加伟大的建设高潮。”他在信中写道，“心急如火，唯恐错过机会……”
以这封信为依据，1955年8月1日，在日内瓦召开的中美大使级会议上，受周恩来总理指示，王炳南大使与美国大使亚历克西斯·约翰逊举行大使级谈判。8月15日，钱学森接到美国政府通知：他可以回国了。
临行前，钱学森带着家人和自己刚出版的著作《工程控制论》来到冯·卡门家，向恩师道别。冯·卡门迅速翻看了新书后说：“钱，你现在学术上已经超过了我，我为你感到骄傲。”并拿出自己晚年的彩色照片，题上“不久再见”，赠别钱学森。
1955年9月17日，在洛杉矶码头，钱学森和蒋英带着两个孩子登上克里夫兰总统号轮船，启程回国。
回到祖国
经过20多天的旅程，1955年10月8日，轮船抵达香港，在九龙火车站，一位香港记者用英文向钱学森提问。下面是他们之间的一段对话。
钱学森说：“我认为每一位中国人都应该讲中国话。”
“我只会讲广东话和英文。”
“我想普通话在中国很普遍，你是一位中国人，你应该学会讲普通话。”
穿过一座小桥，来到深圳的海关小楼，中国科学院派来的代表朱兆祥和广东省政府的代表在这里迎接他们。
钱学森受到热烈欢迎，广东省委书记陶铸为他设宴接风，并安排他在广州参观访问。5天后，钱学森一家回到上海，74岁的父亲到车站迎接，并专门买了一套中国名画册送给他。
离开上海时，在老校友和科学界人士为他举行的宴会上，钱学森讲了出国留学时导师王士倬对他的告诫：“我突然想到了我的一位导师对我的教导，我在这里重复一遍，作为我们的共勉吧！他说：‘一个有责任感的科学家，必须对社会作出更加实际的贡献；一个出色的科学家，必然是改变社会现实的有力因素。’……”
党和国家领导人给钱学森以格外的重视和厚爱。10月28日，钱学森一家从上海抵达北京，中国科学院副院长吴有训和科学家华罗庚、周培源、钱伟长、赵忠尧等20多人
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